หมู่เกาะญี่ปุ่นตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกถึงทิศตะวันตก ทำให้แต่ละภูมิภาคมีภูมิอากาศที่แตกต่างกัน แต่โดยทั่วไปแล้วอยู่ในเขตภูมิอากาศแบบมรสุมอบอุ่น ตลอดทั้งปี อากาศร้อนและอากาศเย็นจะเคลื่อนผ่านหมู่เกาะญี่ปุ่น ทำให้เกิดปรากฏการณ์ทางอากาศที่แตกต่างกันในแต่ละช่วงเวลา

เมื่อเข้าสู่ฤดูใบไม้ผลิ อากาศหนาวจะเคลื่อนผ่านหมู่เกาะญี่ปุ่น ทำให้เกิดพายุฝนและลมแรงบ่อยครั้ง โดยเฉพาะในภูมิภาคโอกินาว่า เรียกว่า "นิงคูจิ คะจิมาริ (ลมเดือนกุมภาพันธ์)" ซึ่งเกิดจากการเปลี่ยนแปลงความกดอากาศอย่างรวดเร็ว ทำให้เกิดพายุรุนแรงและฝนตกหนัก

ต้นเดือนพฤษภาคม เป็นช่วงที่เข้าสู่ฤดูฝน (梅雨) ของหมู่เกาะญี่ปุ่น โอกินาว่าจะเข้าสู่ช่วงฤดูฝนประมาณวันที่ 10 พฤษภาคม ในขณะที่ส่วนอื่น ๆ ของญี่ปุ่นจะเข้าสู่ช่วงฤดูฝนประมาณต้นเดือนมิถุนายน เส้นแบ่งเขตความกดอากาศหยุดนิ่งจะทำให้เกิดฝนตกต่อเนื่องเป็นเวลานาน และบางครั้งอาจเกิดฝนตกหนัก

ปลายเดือนมิถุนายน ภายใต้อิทธิพลของมวลอากาศเย็นจากทะเลโอค็อตสค์ ที่เคลื่อนตัวขึ้นเหนือ หมู่เกาะญี่ปุ่นจะพ้นจากฤดูฝนและเข้าสู่ฤดูร้อนอย่างเต็มตัว อย่างไรก็ตาม ในภูมิภาคโอกินาว่า จะเกิดลมตะวันตกเฉียงใต้ที่รุนแรงหลังจากฤดูฝน เรียกว่า "คะจิเบะ (ลมใต้ฤดูร้อน)"

เดือนสิงหาคม หมู่เกาะญี่ปุ่นจะได้รับอิทธิพลจากพายุไต้ฝุ่นซึ่งเกิดขึ้นจากการหมุนรอบขอบของมวลอากาศร้อนในมหาสมุทรแปซิฟิกเหนือ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ภูมิภาคโอกินาว่า จะได้รับอิทธิพลจากพายุไต้ฝุ่นมากที่สุดในรอบปี ส่งผลให้เกิดพายุรุนแรงและฝนตกหนัก ซึ่งอาจทำให้เกิดความเสียหายต่อพืชผลทางการเกษตร

เมื่อเข้าสู่ฤดูใบไม้ร่วง อิทธิพลของมวลอากาศเย็นจากทวีปจะลดลง ในขณะที่มวลอากาศเย็นจากไซบีเรียจะเพิ่มพลัง ทำให้เกิดอุณหภูมิลดลง เมื่อเข้าสู่เดือนตุลาคม ลมมรสุมจะเปลี่ยนทิศทางเป็นลมตะวันออกเฉียงเหนือ ในโอกินาว่า เรียกว่า "มินิชิ (ลมเหนือใหม่)"

ในฤดูหนาว อิทธิพลของมวลอากาศเย็นจากไซบีเรีย จะทำให้เกิดลมมรสุมตะวันตกเฉียงเหนือที่พัดแรง ทำให้อากาศหนาวเย็นและแห้งแล้ง ภูมิภาคโอกินาว่า มักจะมีลมตะวันออกเฉียงเหนือพัด และลมแรงอาจทำให้เกิดคลื่นสูง

แม้ว่าแต่ละภูมิภาคจะมีชื่อเรียกและการแบ่งฤดูกาลที่แตกต่างกัน แต่โดยทั่วไปแล้วหมู่เกาะญี่ปุ่นจะได้รับอิทธิพลจากอากาศร้อนและอากาศเย็น มวลอากาศ ส่งผลให้เกิดการเปลี่ยนแปลงสภาพอากาศในแต่ละฤดูกาลอย่างชัดเจน