Quần đảo Nhật Bản nằm ở vị trí trải dài theo hướng đông-tây, do đó, khí hậu ở mỗi khu vực khác nhau. Tuy nhiên, nhìn chung, quần đảo thuộc vùng khí hậu gió mùa ôn đới. Suốt cả năm, các khối khí áp cao và áp thấp di động đi qua, tạo ra các hiện tượng khí tượng khác nhau theo mùa.

Khi mùa xuân đến, các mặt trận lạnh đi qua quần đảo Nhật Bản, gây ra nhiều ngày mưa gió. Đặc biệt ở vùng Okinawa, hiện tượng này được gọi là "ningkuchi kajimari (ngày gió tháng 2)", do sự thay đổi áp suất đột ngột, gây ra gió mạnh và mưa lớn.

Đầu tháng 5, mùa mưa (梅雨) chính thức bắt đầu trên quần đảo Nhật Bản. Okinawa vào khoảng ngày 10 tháng 5, các vùng nội địa vào đầu tháng 6 bắt đầu chịu ảnh hưởng của vùng áp thấp trên mặt trận chính. Hoạt động của vùng áp thấp tĩnh ổn định khiến mưa kéo dài, đôi khi có mưa lớn.

Cuối tháng 6, do ảnh hưởng của khối khí lạnh từ biển Okhotsk di chuyển lên phía bắc, các vùng nội địa bước vào mùa hè chính thức. Tuy nhiên, ở vùng Okinawa, sau mùa mưa, sẽ có những ngày gió mùa tây nam mạnh thổi liên tục, được gọi là "kachibe (gió mùa hè)".

Tháng 8, quần đảo Nhật Bản chịu ảnh hưởng lớn từ các cơn bão nhiệt đới hình thành từ rìa phía bắc của áp cao Thái Bình Dương. Đặc biệt, vùng Okinawa chịu ảnh hưởng của bão nhiều nhất trong năm. Điều này dẫn đến gió mạnh và mưa lớn thường xuyên, gây thiệt hại cho cây trồng.

Khi mùa thu đến, quần đảo Nhật Bản chịu ảnh hưởng lớn từ khối khí áp cao lục địa, đồng thời sức mạnh của khối khí lạnh Siberia cũng dần tăng lên, khiến nhiệt độ giảm xuống. Vào tháng 10, hướng của gió mùa chuyển sang gió đông bắc, ở Okinawa, gió này được gọi là "minishi (gió bắc mới)".

Vào mùa đông, do ảnh hưởng của khối khí lạnh Siberia, gió mùa tây bắc thổi mạnh, tạo ra thời tiết lạnh và khô. Ở vùng Okinawa, thường xuyên có gió đông bắc, gió mạnh tạo ra sóng cao.

Mỗi khu vực có tên gọi và phân chia mùa riêng biệt, nhưng nhìn chung, trên toàn bộ quần đảo Nhật Bản, do ảnh hưởng của áp cao và áp thấp di động, các khối khí, sự thay đổi thời tiết theo mùa rất rõ rệt.