5月5日午後4時35分頃、京都駅構内で発生した水没物処理作業により、JR西日本の列車運行に大きな影響が出た。JR西日本によると、計80本の列車が運休するなど、約8万5千人の乗客に影響が出たという。

今回の事態により、京都駅を通る大阪方面および神戸方面のJR線の大半が、全線運休または遅延運行を余儀なくされた。運休および遅延区間、影響を受けた路線は以下の通り。

- 大阪方面 - 京都線: 全線運休 - 嵯峨野線: 全線運休 - 琵琶湖線: 全線運休 - 山陽線: 1路線運休、複数路線遅延運行 - 九州線: 全線運休

- 神戸方面 - 神戸線: 1路線運休、複数路線遅延運行 - 福知山線: 1路線運休、複数路線遅延運行 - 新幹線: 複数路線遅延運行

このほか、京都で運行する阪急、阪神、京阪、南海、近鉄など、複数の私鉄路線が京都駅周辺区間で全線運休や遅延運行に見舞われた。

JR西日本側は、水没物処理作業が完了した後、平常通りの運行体制に戻ったと説明している。しかし、今回の事態による影響は大きかったため、今後このような事態が再発しないよう予防対策を講じるとしている。

一方、現場では周辺道路の通行規制や出入り制限などの規制措置が取られたものの、大きな混乱はなかったと伝えられている。一部ネットユーザーの間では、駅施設利用者の不注意による物置忘れが今回の事態発生につながった可能性に対する推測もあったが、具体的な原因はまだ明らかになっていない。