5 मई को दोपहर 4:35 बजे के आसपास क्योटो स्टेशन परिसर में हुए जल प्रबंधन कार्य के कारण जेआर वेस्टर्न जापान की ट्रेनों के संचालन पर काफी प्रभाव पड़ा। जेआर वेस्टर्न जापान के अनुसार, कुल 80 ट्रेनों का संचालन बंद कर दिया गया और लगभग 85,000 यात्री प्रभावित हुए।

इस घटना के कारण क्योटो स्टेशन से होकर गुजरने वाली ओसाका और कोबे की ओर जाने वाली अधिकांश जेआर लाइनें पूरी तरह से बंद रहीं और देरी से चल रही थीं। संचालन में रुकावट और देरी वाले क्षेत्र और प्रभावित लाइनें इस प्रकार हैं:

- ओसाका की ओर - क्योटो लाइन: पूरी लाइन पूरी तरह से बंद - कोया लाइन: पूरी लाइन पूरी तरह से बंद - बिव्हाको लाइन: पूरी लाइन पूरी तरह से बंद - सान्यो लाइन: 1 लाइन पूरी तरह से बंद, कई लाइनें देरी से चल रही हैं - क्यूशू लाइन: पूरी लाइन पूरी तरह से बंद

- कोबे की ओर - कोबे लाइन: 1 लाइन पूरी तरह से बंद, कई लाइनें देरी से चल रही हैं - फुकुचियामा लाइन: 1 लाइन पूरी तरह से बंद, कई लाइनें देरी से चल रही हैं - बुलेट ट्रेन: कई लाइनें देरी से चल रही हैं

इसके अलावा, क्योटो से चलने वाली कई निजी रेलवे लाइनें जैसे हनक्यू, हंशिन, केइहन, ननकाई, किन्टेत्सु ने क्योटो स्टेशन के आसपास के क्षेत्रों में पूरी तरह से बंद होने और देरी का सामना किया।

जेआर वेस्टर्न जापान ने बताया कि पानी प्रबंधन कार्य पूरा होने के बाद ट्रेनें सामान्य रूप से चलने लगीं। हालाँकि, इस घटना के कारण काफी प्रभाव पड़ा, इसलिए कंपनी ने यह सुनिश्चित करने के लिए निवारक उपाय करने का वादा किया है कि ऐसी स्थिति दोबारा न आए।

वहीं, घटनास्थल पर आसपास की सड़कों पर आवाजाही और प्रवेश को नियंत्रित किया गया, लेकिन कोई बड़ी गड़बड़ नहीं हुई। कुछ नेटिज़न्स ने अटकलें लगाईं कि रेलवे स्टेशन सुविधाओं के उपयोगकर्ताओं की लापरवाही के कारण सामान छोड़ने से यह घटना हुई होगी, लेकिन अभी तक इसका कोई ठोस कारण नहीं मिला है।