ประมาณ 16:35 น. ของวันที่ 5 พฤษภาคม เกิดเหตุการณ์ที่เกี่ยวข้องกับการจัดการน้ำในสถานีเกียวโต ทำให้เกิดความล่าช้าอย่างมากในการเดินรถไฟ JR West JR West กล่าวว่า มีรถไฟทั้งหมด 80 ขบวนหยุดให้บริการส่งผลกระทบต่อผู้โดยสารประมาณ 85,000 คน

จากเหตุการณ์นี้ ทำให้รถไฟ JR สายส่วนใหญ่ที่วิ่งผ่านสถานีเกียวโตไปยังโอซาก้าและโกเบหยุดให้บริการและล่าช้า รายละเอียดเส้นทางที่หยุดให้บริการและล่าช้าและเส้นทางที่ได้รับผลกระทบมีดังนี้

- ไปโอซาก้า - สายเกียวโต: หยุดให้บริการตลอดสาย - สายโกยา: หยุดให้บริการตลอดสาย - สายบิวะโก: หยุดให้บริการตลอดสาย - สายซันโย: 1 เส้นทางหยุดให้บริการ ส่วนที่เหลือล่าช้า - สายคิวชู: หยุดให้บริการตลอดสาย

- ไปโกเบ - สายโกเบ: 1 เส้นทางหยุดให้บริการ ส่วนที่เหลือล่าช้า - สายฟุคุชิยามะ: 1 เส้นทางหยุดให้บริการ ส่วนที่เหลือล่าช้า - ชินคันเซ็น: ล่าช้าหลายเส้นทาง

นอกจากนี้ รถไฟเอกชนหลายสายที่วิ่งในเกียวโต เช่น ฮันคิว ฮันชิน เคฮัน นันไค คินเท็ตสึ ก็หยุดให้บริการ และล่าช้าในพื้นที่ใกล้เคียงสถานีเกียวโตเช่นกัน

ทาง JR West กล่าวว่า หลังจากการจัดการน้ำเสร็จสิ้นลง รถไฟก็กลับมาให้บริการตามปกติ อย่างไรก็ตาม เนื่องจากผลกระทบจากเหตุการณ์นี้ร้ายแรง ทางบริษัทจึงประกาศว่าจะดำเนินการป้องกันเพื่อไม่ให้เกิดเหตุการณ์เช่นนี้ขึ้นอีก

ขณะเดียวกัน รายงานจาก现场ระบุว่า มีการควบคุมการจราจรและการเข้าออกพื้นที่ แต่ไม่ได้เกิดความวุ่นวายอย่างร้ายแรง อย่างไรก็ตาม ในหมู่ชาวเน็ตมีการคาดเดาว่า เหตุการณ์นี้เกิดขึ้นเนื่องจากความประมาทของผู้ใช้สถานีรถไฟที่ทิ้งสิ่งของไว้ แต่ยังไม่ทราบสาเหตุที่แท้จริง