5 Mayıs öğleden sonra 4:35 civarında Kyoto İstasyonu içinde meydana gelen bir su yönetimi çalışması nedeniyle JR West trenlerinin işletimi büyük ölçüde etkilendi. JR West'e göre, toplam 80 trenin seferleri durduruldu ve yaklaşık 85.000 yolcu etkilendi.

Bu olay nedeniyle, Kyoto İstasyonu'ndan geçen Osaka yönlü ve Kobe yönlü JR hatlarının çoğu tamamen durduruldu ve gecikmeli olarak çalıştırıldı. İşletim durdurma ve gecikme bölgeleri ve etkilenen hatlar aşağıdaki gibidir.

- Osaka Yönü - Kyoto Hattı: Tüm hat tamamen durduruldu - Koya Hattı: Tüm hat tamamen durduruldu - Biwako Hattı: Tüm hat tamamen durduruldu - Sanyo Hattı: 1 hat tamamen durduruldu, çok sayıda hat gecikmeli olarak çalıştırıldı - Kyushu Hattı: Tüm hat tamamen durduruldu

- Kobe Yönü - Kobe Hattı: 1 hat tamamen durduruldu, çok sayıda hat gecikmeli olarak çalıştırıldı - Fukuchiyama Hattı: 1 hat tamamen durduruldu, çok sayıda hat gecikmeli olarak çalıştırıldı - Shinkansen: Çok sayıda hat gecikmeli olarak çalıştırıldı

Bunun dışında, Kyoto'da çalışan Hankyu, Hanshin, Keihan, Nankai ve Kintetsu gibi çok sayıda özel demiryolu hattı, Kyoto İstasyonu çevresindeki bölümlerde tamamen durduruldu ve gecikmeli olarak çalıştırıldı.

JR West, su yönetimi çalışmalarının tamamlanmasının ardından normal işleyişe geri dönebildiğini açıkladı. Bununla birlikte, bu olayın büyük bir etki yaratması nedeniyle, gelecekte benzer bir durumun tekrarlanmaması için önlemler alacaklarını belirtti.

Öte yandan, olay yerinde çevre yollarının kapatılması ve giriş çıkışların kısıtlanması gibi kontrol önlemleri uygulandı, ancak büyük bir karışıklık yaşanmadığı bildirildi. Bazı internet kullanıcıları arasında tren istasyonunun tesislerini kullanan kişilerin dikkatsizliği nedeniyle eşyaların terk edilmesi sonucu bu olayın meydana gelmiş olabileceği yönünde spekülasyonlar da yapıldı, ancak olayının kesin nedeni henüz belirlenmedi.